O maior problema que até então surgira, deveu-se ao fato dos timorenses do leste terem introjetado a cultura do colonizador lusitano(a língua portuguesa e a religião católica), o que tornou-se um obstáculo a que fossem reabsorvidos com tranqüilidade ao corpo político e cultural da Indonésia. As atrocidades cometidas pelos militares indonésios fez com que a mídia ocidental, estimulada especialmente pelos portugueses da metrópole, transformasse o separatismo timorense numa causa universal. A isso somou-se que a poderosa Igreja Católica, dominante no Timor Leste, não aceitasse a absorção dos seus fiéis numa República Islâmica ( os timorenses do leste são uns 800 mil, 95% deles católicos, numa Indonésia de mais de 200 milhões de muçulmanos). Os padres católicos, temendo serem expulsos pelos indonésios, tornaram-se agentes separatistas, pregando junto a população a resistência à Indonésia, a rejeição à língua javanesa e ao islamismo.

Sendo apenas uma parte de uma pequena ilha paupérrima, Timor Leste, constituído em estado-nacional independente, fatalmente dependerá de outro poder regional que se contraponha ao da Indonésia. Tal suporte encontra-se na vizinha Austrália, país que, em tempos anteriores, ofereceu abrigo aos timorenses fugitivos da repressão, bem como às suas diversas lideranças civis (entre elas a do líder civil da resistência, o dr. Ramos Horta, que, juntamente com o bispo Ximenes Belo, recebeu o Primeiro Nobel da Paz em 1996).
Substituindo os Estados Unidos como força policial na região, a Austrália, liderando a UNAMET, chamou a si a função de potência interventora naquela parte do Pacifico (autorizada pelo Conselho de Segurança da ONU, enviou 4,5 mil soldados para ocupar o Timor Leste). Seguramente, ela que já controla os recursos petrolíferos da ilha, satelitizara doravante o Timor Leste. Desta forma, a presença dos australianos representa aos olhos dos indonésios, especialmente aos dos muçulmanos mais radicais, uma retomada – ainda que justificada pela proteção aos direitos humanos – da antiga postura colonialista dos brancos ocidentais.

Finalmente, encerrada a votação em Timor Leste, em 4 de setembro de 1999, revelou-se que 78,5% dos votantes (mais de 345 mil eleitores foram as urnas) preferiram a total independência do que ficarem vinculados à Indonésia. Os militares indonésios que já há algum tempo vinham arregimentando e armando grupos de milicianos para que atuassem na intimidação dos desejos autonomistas da população, estimularam as turbas de assassinos de aluguel a fazerem o que bem entendessem naquela parte da ilha. Bem à vista dos soldados indonésios, que apenas fingiam embaraçá-los, eles deram para atacar os habitantes indefesos. No caos que surgiu, mais de 100 mil timorenses do leste refugiaram-se nas montanhas. Não satisfeitos, os milicianos jogaram tochas incendiárias nas casas ou hotéis daqueles que abrigassem representantes das Nações Unidas. Dili, a capital timorense, foi reduzida à ruína e à pilhagem pelos milicianos. Tal situação terrível, coberta pela mídia ocidental, criou o clima favorável para que uma intervenção internacional ocorresse. Tropas estrangeiras, lideradas pelos australianos, com autorização do Conselho de Segurança da ONU, ocuparam então a parte leste da pequena ilha para garantir-lhe a autonomia aprovada no referendo.

Os militares indonésios, bem como outros grupos muçulmanos mais radicais, temem, não sem motivo, que o caso do Timor Leste sirva como exemplo para um provável desmantelamento da Indonésia como estado. Algumas ilhas do arquipélago, como ocorre nas províncias de Irian Jaya e Aceh, habitada por uma dissidência muçulmana, encontram-se em pé de guerra clamando pela autonomia, enquanto que em outras são as minorias católicas quem passaram a serem vistas como elementos dissolventes, antipátrias, traidores potenciais da Indonésia unida.

    

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