Então veio a crise financeira, que derrubou a economia do país, privando o regime de um instrumento de legitimação fundamental. Assim, Suharto caiu, e foi substituido pelo vice-presidente Habibie, ex-ministro da Ciência e Tecnologia e engenheiro aeronáutico formado na Alemanha. Com a economia derrubada, a eclosão de protestos políticos (sobretudo estudantis), de rebeliões separatistas e massacres de minorias étnico-religiosas em algumas das milhares de ilhas que compõem este país predominantemente muçulmano, com 200 milhões de habitantes, realizaram-se eleições, que foram vencidas pela oposição. Teoricamente, o problema do Timor poderia então ser resolvido numa perspectiva democrática, mas o mecanismo do plebiscito e o clima político no território e junto à opinião pública mundial haviam se tornado irreverssíveis, assim como a aprovação da independência.
Desmotivadas por terem que administrar com segurança a sua própria derrota, as forças indonésias deixam livre curso às milícias anti-independentistas, com o intuito de forçar algum compromisso com o Ocidente e desencorajar outros separatismos no arquipélago, através da demonstração dos elevados custos que processos deste tipo podem vir a adquirir. As potências Ocidentais, que já mantém tropas na Iugoslávia, Kuwait e outras regiões, estariam dispostas a arcar com os custos de mais uma força de paz? Os próprios resultados das eleições nacionais indonésias parecem estar em jogo no conflito timorense.
A independência de Timor será uma solução definitiva? O novo país necessitará de ajuda econômica externa permanente e de um ambiente regional seguro, condições que se afiguram difíceis. Para a Indonésia, economicamente a perda do território não representa nenhuma tragédia. O problema é que o país inteiro arrisca a se fragmentar, contagiando nações vizinhas, como Filipinas e Malásia, além do risco de mergulhar numa guerra civil ou golpe militar. Isso certamente não convém aos países interessados no petróleo e matérias primas que existem na região. Por outro lado, o futuro governo indonésio de oposição já nascerá enfraquecido e com problemas de legitimidade, enquanto o sentimento anti-americano se alastra pela região. Além disso, para a maioria dos asiáticos, o problema deveria ser resolvido pelos grupos diretamente envolvidos, através de mecanismos como a própria ASEAN. Um Timor independizado por forças Ocidentais será considerado uma herança colonial, com todos os problemas que daí advirão. Assim, a obstinação dos militares num primeiro momento, e a ingerência Ocidental posteriormente, geraram uma tragédia humana e um problema regional cuja resolução não está à vista.