O conflito de Timor, iniciado em 1975, até recentemente estava esquecido. Durante séculos o território foi uma colônia portuguesa pobre, utilizada pelo regime salazarista como local para confinar dissidentes políticos. A vizinha Indonésia, por sua vez, era, desde 1965, uma ditadura militar implantada por um golpe sangrento (700 mil comunistas mortos), com apoio Ocidental. Dez anos depois, na esteira da Revolução dos Cravos, Portugal abandonou Timor, onde eclodiu uma guerra civil entre facções armadas. Na iminência de uma vitória da esquerdista FRETILIN (Frente Timorense de Libertação Nacional), a Indonésia invadiu e anexou a ilha, com apoio das facções conservadoras locais, com a complascência das potências Ocidentais (embora a ONU não reconhecesse).
Durante dez anos os timorenses foram vítimas de uma repressão brutal, em meio à omissão portuguesa e ao silêncio internacional. Desde 1983, a Assemblélia Geral da ONU não conseguiu mais aprovar moções de condenação à ocupação, e o esquecimento se abateu sobre a questão timorense. Nos quadros da Guerra Fria e do conflito do Vietnã, a ditadura indonésia representava uma aliada especial dos EUA para a contenção dos movimentos de libertação nacional no sudeste asiático. No plano interno, o Timor foi integrado ao acelerado crescimento econômico da Indonésia, o que, aliado à repressão militar, reduziu drasticamente a ação do movimento de resistência armada.
Contudo, nos anos 90 o quadro alterou-se drasticamente. Com o fim da Guerra Fria, os EUA reviram sua estratégia em relação a alguns aliados preferenciais. Desde a repressão da Praça da Paz Celestial, a China passou a ser pressionada política e economicamente, enquanto o desenvolvimento dos países asiáticos tendia a buscar maior autonomia frente ao Ocidente. A própria Indonésia, vencida a etapa de acumulação de capital, buscou um desenvolvimento mais ousado, com projetos de indústria aeronáutica e automobilísta. Além disso, Jacarta, junto com parceiros da Associação de Nações do Sudeste Asiático (ASEAN), posicionava-se favoravelmente à integração nessa organização dos vizinhos comunistas Vietnã e Camboja, bem como incentivava a cooperação com a China, país com o qual então se reconciliou.
A partir desse momento, a Indonésia sofreu pressões de seus antigos aliados que "descobriram", depois de 30 anos, que o regime de Suharto era corrupto, autoritário, explorador e sanguinário. Com apoio internacional, uma oposição liberal e cosmopolita manifestou-se abertamente, mas o exército indonésio manteve o controle da situação. Paralelamente, a questão do Timor era resgatada, com campanhas internacionais, Prêmio Nobel para Ramos Horta e reaparecimento em cena de Portugal, agora como membro da União Européia. A Portugal, mais do que remorsos morais, cabia exercer um papel legitimador que lhe era demandado por seus pares do Primeiro Mundo, como forma de reabrir a questão na ONU. Em Timor, os protestos abertos e a repressão ressurgiram com intensidade. Mas o regime indonésio resistiu.
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