Sem alternativa de resistência, D. Antônio chama o índio e diz que, se este se tornasse cristão, lhe confiaria a filha para que tentasse levá-la à civilização. O herói responde: "Peri quer ser cristão!", e ajoelha-se diante do fidalgo que o batiza.

Enquanto as flechas incendiárias dos aimorés transformam a casa-forte num inferno, Peri pula o precipício - que cercava o casarão - com o auxílio de um galho de árvore, levando Ceci adormecida por uma bebida soporífera. Rapidamente alcança o rio Paquequer onde escondera uma canoa. Ouve-se uma grande explosão: D. Antônio colocara fogo no paiol e todos, os remanescentes brancos e centenas de aimorés desaparecem, numa espécie de apocalipse.

Ao acordar, Ceci chora muito a morte dos parentes e diz querer o índio para sempre a seu lado, na cidade. Peri rejeita a idéia de morar na civilização, porém a jovem não pode mais viver sem ele e, aproveitando-se de uma parada para descanso, corta as amarras da canoa.

Estão agora sozinhos, e como Adão e Eva, no começo do mundo, prontos para o amor. Eis quando uma grande enxurrada os surpreende (Alencar está atento aos preconceitos de seus leitores). O casal refugia-se em cima de uma palmeira, mas as águas continuam subindo. Em um último gesto heróico, Peri arranca a palmeira (incluindo raízes e tudo), transformando-a em canoa. O índio e a jovem branca são arrastados, então, pela correnteza. Em direção ao quê? Da morte? Do início da felicidade conjugal? Da simbólica construção de um novo mundo nos trópicos? O que acontece após o grande dilúvio? O leitor que decida.

Observe-se a antológica cena final do romance:

Então passou-se sobre esse vasto deserto d'água e céu uma cena estupenda, heróica, sobre-humana; um espetáculo grandioso, uma sublime loucura.

Peri alucinado suspendeu-se aos cipós que se entrelaçavam pelos ramos das árvores já cobertas d'água, e com esforço desesperado, cingindo o tronco da palmeira nos seus braços hirtos, abalou-o até as raízes.

Três vezes os seus músculos de aço, estorcendo-se, inclinaram a haste robusta; e três vezes o seu corpo vergou, cedendo à retração violenta da árvore, que voltara ao lugar que a natureza lhe havia marcado.

Luta terrível, espantosa, louca, desvairada; luta da vida contra a matéria; luta do homem contra a terra; luta da força contra a imobilidade.

Houve um momento de repouso em que o homem, concentrando todo o seu poder, estorceu distensão horrível.

Ambos, árvore e homem, embalançaram-se no seio das águas: a haste oscilou; as raízes desprenderam-se da terra já minada profundamente pela torrente.

A cúpula da palmeira, embalançando-se graciosamente, resvalou pela flor d'água como um ninho de garças ou alguma ilha flutuante, formada pelas vegetações aquáticas.

Peri estava de novo sentado junto de sua senhora quase inanimada; e, tomando-a nos braços, disse-lhe com um acento de ventura suprema:

- Tu viverás!...

Cecília abriu os olhos e, vendo seu amigo junto dela, ouvindo ainda suas palavras, sentiu o enlevo que deve ser o gozo da vida eterna.

-- Sim?...murmurou ela; viveremos!...lá no céu, no seio de Deus, junto daqueles que amamos! (...) Sobre aquele azul que tu vês, continuou ela, Deus mora no seu trono, rodeado dos que o adoram. Nós iremos lá, Peri! Tu viverás com tua irmã, sempre!...

Ela embebeu os olhos nos olhos de seu amigo, e lânguida reclinou a loura fronte.

O hálito ardente de Peri bafejou-lhe a face.

Fez-se no semblante da virgem um ninho de castos rubores e lânguidos sorrisos: os lábios abriram como as asas purpúreas de um beijo soltando o vôo.

A palmeira arrastada pela torrente impetuosa fugia...

E sumiu-se no horizonte...

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